Изменения в новой операционной системе начались сразу с названия, теперь версия Windows Mobile обозначается не двумя, как ранее, а одной цифрой. Изменилась и деление на версии системы для кпк, смартфонов и коммуникаторов, теперь
Windows Mobile 5.0 Pocket PC -> WM 6 Classic
WM 5.0 Pocket PC Phone Edition > WM 6 Professional
WM 5.0 Smartphone > WM 6 Standard.

К сожалению глубоких изменений в WM 6 не произошло, некоторые даже склонны называть её сервис паком к WM5, но это не так, хоть операционная система и построена на ядре пятой версии. Благодаря этому не должно возникать конфликтов совместимости программ, между Windows Mobile 5 и 6, как это случалось при переходе с Windows Mobile 2003. Системные требования WM 6 не далеко ушли от своей предшественницы, для стабильной работы системе достаточно 32 Мб Flash-памяти и 32 Мб оперативной памяти, но вот скорость работы интерфейса заметно возросла.

Отметим, какие-же наиболее существенные изменения произошли:
1) Полностью изменена грфическая оболочка, теперь интерфейс собран в стиле "Vista"
2) Обновлены все системные звуки
3) Добавлена поддержка Интернет-телефонии
4) Существенно доработан Outlook Mobile
5) Добавлен Live Messenger
6) Улучшена интеграция с MS Exchange Server
7) Так-как система построена на ядре пятой версии, то все пакеты обновлений для Windows Mobile 5.0 были учтены.